Dnem 1.listopadu 1996 byla zřízena Římskokatolickým biskupstvím v Hradci Králové CÍRKEVNÍ ZÁKLADNÍ ŠKOLA, a to z iniciativy tehdejšího sídelního biskupa Mons. Karla Otčenáška a zesnulého ředitele Biskupského gymnázia ing. Václava Bláhy.  První školní rok 1997/1998 se začínalo s 19 žáky v jedné třídě v budově Biskupského gymnázia Bohuslava Balbína, další školní rok se zvýšil počet na 46 žáků. Biskupské gymnázium však z kapacitních důvodů nemohlo poskytnout tolik učeben, proto dvě třídy musely být umístěny v Domě dětí a mládeže. Další etapa Církevní základní školy v Hradci Králové pokračovala v budově se sídlem Na Hradě 90. Začal čtvrtý rok působení školy. Bylo zde 110 žáků ve čtyřech ročnících a sedmi třídách. Budovy byly majetkem Statutárního města Hradec Králové a do června 2000 je využívala Zvláštní a praktická škola. V budově bylo nutné provést náročné rekonstrukce, do tříd musela být zavedena voda a byla kompletně rekonstruována sociální zařízení a v průběhu školního roku také výdejna stravy. Úřad města investoval 300.000,- Kč, zřizovatel Biskupství královéhradecké 1.000.000,- Kč. Školní rok 2002/2003 byl prvním rokem, kdy se začal budovat 2. stupeň, a to 6. postupným ročníkem a přešlo se na vzdělávací program Základní škola. Ve školním roce 2005/2006 bylo dosáženo úplné základní školy se všemi devíti ročníky. Od 1. 9. 2005 se stala součástí školy Mateřská škola Mateřídouška, která sídlí v zadaptovaných prostorách vilky v ulici Hradební čp. 548 poblíž divadla Drak. Jedná se o smíšené oddělení s kapacitou pro 17 dětí. Tím byl dovršen ucelený systém církevního školství od předškolního zařízení přes základní školu až po gymnázium.

Biskupství královéhradecké na základě darovací smlouvy uzavřené dne 6. 4. 2006 se Statutárním městem Hradec Králové získalo budovy Církevní základní školy v Hradci Králové a dne 26. 5. 2006 byla podepsána smlouva o výpůjčce mezi školou a Biskupstvím královéhradeckým. S účinností od 5. 7. 2006 dle §1897 odst.1 zákona č. 561/2004 Sb. (školský zákon) se změnila právní forma školy na školskou právnickou osobu. Pro školu to znamená potvrzení statutu, práv i povinností z něj vyplývajících, které jsou téměř ve všech ohledech naprosto stejné jako u kterékoli jiné základní školy. Dále s účinností od 5.7. 2006 dostala nové jméno
ZÁKLADNÍ ŠKOLA A MATEŘSKÁ ŠKOLA JANA PAVLA II. 

V základní škole je zřízena kaple zasvěcená Zvěstování Páně.